由于奶酪制作中需去除乳清（含有较高生理效价的乳清蛋白），因此，奶酪的生物学价值要低于全乳蛋白质，但比纯酪蛋白高。在一些新工艺如超滤技术生产奶酪，可以不排出乳清，这样提高了奶酪的蛋白营养价值。另外奶酪生产中不发生美拉得德反应，因此，奶酪的必需氨基酸可保持到原乳含量的91％～97％。制作奶酪需经过微生物的发酵作用，在凝乳酶及微生物中蛋白酶的分解作用下，蛋白质形成氨基酸、肽、际、胨等小分子物质，因此很容易消化，其蛋白质消化率达96％～98％。另有人报道在奶酪的成熟期，牛乳中的酪蛋白逐渐降解成肽和氨基酸。一些氨基酸在细菌脱羧酶的催化下，可进一步发生降解反应。γ-氨基丁酸是就由谷氨酸脱羧而来，因此很多奶酪中都含有γ-GABA。而γ-GABA是一种具有降血压、抗惊厥、镇痛、改善脑机能、精神安定、促进长期记忆、肾功能活化、肝功能活化等作用的功能因子。脂肪不仅赋予奶酪良好的风味和细腻的口感，还可提供人体所需的一部分能量，在体内的消化率为88％～94％。
另外与脂肪含量有关的胆固醇含量在奶酪中也较低，通常为0～100mg/100kg。奶酪生产中，大多数乳糖随着乳清排出，余下的也都通过发酵作用尘成了乳酸，因此奶酪是乳糖不耐症和糖尿病患者可选营养食品之一。
奶酪中含有钙、磷、镁、纳等人体必需的矿物质。由于奶酪加工工艺的需要，会添加钙离子，使钙的含量增加，易被人体吸收。每100g软奶酪可满足人钙日需求量的30％～40％、磷日需求量的12％～20％。每100g硬奶酪可完全满足人每日的钙需求量，40％～50％的磷日需求量。干酪的品种不同，添加的NaCl量也有所差异，近年来，由于人们意识到高浓度的Na+与某些高血压疾病有关，所以一些厂家试图通过使用MgCl2和KCl代替NaCl，但口感方面尚有不足。表2是常见奶酪中所含的微量元素的平均值。
在制作奶酪的过程中，牛乳的酪蛋白被凝结，而乳清被排出，因此奶酪中含有较多的脂溶性维生素，而水溶性维生素大部分随乳清排出；在奶酪的成熟过程，由于各种酶及微生物的作用，可以合成维生素B、烟酸、叶酸、生物素等。而维生素C的含量很少，可以忽略不计
奶酪的功效
奶制品是食物补钙的最佳选择，奶酪正是含钙最多的奶制品，而且这些钙很容易吸收，就钙的含量而言，250毫升牛奶=200毫升酸奶=40克奶酪。奶酪能增进人体抵抗疾病的能力，增进代谢加强活力，保护眼睛健康，并保持肌肤健美。奶酪中的乳酸菌及其代谢产物对人体有一定的保健作用，有利于维持人体肠道内正常菌群的稳定和平衡，防止便秘和腹泻。奶酪中的脂肪和热能都比较多，但是其胆固醇含量却相对比较低，对心血管健康也有有利的一面。英国牙科医生认为，人们在吃饭时吃一些奶酪有助于预防龋齿。吃含有奶酪的食物能大大增加牙齿表层的含钙量，从而起到抑制龋齿发生的作用。
奶酪适合人群
对于孕妇、中老年人及成长发育旺盛的青少年儿童来说，奶酪是最好的补钙食品之一。奶酪吃多了不容易消化，不适合肠胃不好的人，但适合体质不好的人，因为奶酪富含蛋白质和钙，脂肪等很多营养。老人最好还是不要吃，奶酪是牛奶中高营养成分的提炼精华，因此其中所含的油脂成分偏高，虽然市面上也有低脂的，但其浓缩了高浓度，对于老年的消化系统不利。
