尿毒症的原因复杂多样，总的概括来说是由于各种能够引起肾脏损害并进行性发展的疾病均可导致尿毒症的形成。例如：原发和继发性肾小球疾病、慢性间质性肾疾病、肾血管疾病、尿路梗阻性疾病、先天性和遗传性肾脏疾病等，都能发展至慢性肾功能不全使的尿毒症疾病的形成。
临床上引起尿毒症的肾脏疾病复杂多样，其发病机制也是说法不一，其中主要有以下几种学说
健存肾单位和矫正失衡学说这个学说认为当肾实质疾病导致肾单位遭受破坏时，健存的肾单位为了代偿，为了满足身体机能的所有需要，必需最大程度的完成肾脏功能的所有工作，这种工作量相当于平时的5-20倍，此时临床上亦表现不来任何症状，但是当肾实质损害到剩余健存的肾单位不能满足人体机能所有需求时，便会引起身体机能失去平衡，导致一些列临床疾病症的产生。所以到了尿毒症这个地步时，肾实质基本已经完全损害。
此学说认为残余肾单位肾小管代谢亢进是肾小管萎缩、兼职纤维话和肾单位进行性损害的重要原因之一。高代谢导致肾小管氧消耗增加和氧自由基增多，使的肾小管损伤。有研究认为肌纤维细胞不仅可有成纤维细胞激活后转变而来，而且也有可能有肾小管上皮细胞或单核巨噬细胞经过分化转移的机制转变而来，所以这种认为肾小管高代谢是形成尿毒症的机制。
肾小管液内过多的白蛋白、转铁蛋白等均是导致肾小管中产生有害物质，致使肾小管球和肾小管损伤，引起肾小球系膜细胞增殖或兼职成纤维细胞增殖，促使肾小管硬化或兼职纤维的化的发展，导致尿毒症的形成。
脂质代谢紊乱可促使肾小球系膜损伤和基质增多，在肾小球硬化过程中起着重要作用。这种硬化方式与大中动脉粥样硬化的过程有许多相似之处。
当肾单位破坏至一定数量时，鱼虾的每个肾单位代谢废物的符合增加，银耳代偿地发生肾小管毛细血管的高灌注、高滤过、高压力。这种三高可以引起肾小球上皮细胞足突融合，肾小球内皮细胞损伤，肾小球通透性增加。这种恶心循坏是慢性肾脏疾病发展至尿毒症的共同途径。
