空腹时不宜食用
西红柿含有大量可溶性收敛剂等成分，与胃酸发生反应，凝结成不溶解的块状物，这些硬块可能将胃的出口幽门堵塞，引起胃肠胀满、疼痛等不适症状。饭后吃西红柿由于胃酸已与许多食物混合，其浓度不大，不会与上述胶质发生反应，所以没有大碍。
未成熟不宜食用
青西红柿含有生物碱甙(龙葵碱)其形状为针状结晶体，对碱性非常稳定，但能够被酸水解。所以，未熟的青西红柿吃了常感到不适，轻则口腔感到苦涩，严重的时候还会出现中毒现象。特别是当青西红柿开始腐烂时，其龙葵碱就会被破坏。而青西红柿变红以后，就不含龙葵碱了。
最好不与黄瓜同食
因为黄瓜中含有一种维生素C分解酶，会破坏其他蔬菜中含量丰富的维生素C。西红柿就是典型的含维生素C丰富的蔬菜，如果二者一起食用，我们从西红柿中摄取的维生素C，再被黄瓜中的分解酶破坏，根本达不到补充营养的效果。
服用肝素、双香豆素等抗凝血药物时不宜食用
西红柿含维生素K较多。维生素K：主要作用是催化肝中凝血酶原以及凝血活素的合成，犬最低需要量为30ug/kg体重。维生素K不足时，由于限制了凝血酶原的合成而使凝血时间延长，造成皮下和肌肉出血。
不宜长久加热烹制后食用
长久加热烹制后就失去了原有的营养与味道，因番茄红素遇光、热和氧气容易分解，失去保健作用。因此，烹调时应避免长时间高温加热。
服用新斯的明或加兰他敏时禁忌食用
建议：听从医嘱。
肠胃虚弱者不宜多吃
中医认为西红柿性寒，肠胃虚弱者多吃西红柿对身体有害。所以，患有急性胃肠炎、急性菌痢及溃疡病活动期病人暂不宜食，以免加重病情。
