导致肠穿孔
咖啡灌肠排毒的方法容易导致肠穿孔，因为我们的肠道壁很薄，自己灌肠操作不当，或者用力过猛，都会不小心弄破肠道壁，导致肠穿孔。而肠穿孔后肠子里的粪便和细菌会流入腹腔，引起感染。
破坏排便节律
咖啡灌肠排毒会破坏身体排毒的节律，人体自有相对固定的排便节律，在定期频繁的灌肠后，肠道以及肛周的肌肉已经适应了这种状态，就不得不一直灌下去，如果哪天突然停止了灌肠，反而会使便秘症状更加严重。
水电解质紊乱
长期不当的灌肠也会引起水电解质紊乱。因为往肠道里灌咖啡的时候，流出来的不仅是咖啡和污物，还包括本来应该被吸收进人体的无机盐和水分。
肠道菌群失调
肠道里面大量的微生物对于人体的消化吸收、抵抗外来病菌等很多方面，都起着极其重要的作用。长期用咖啡灌肠可能引起肠道菌群失调，反而危害肠道健康。
易患肠道疾病
长期进行咖啡灌肠，打破了机体的正常微生态平衡。再加上普通人灌肠不可能做到严格的规范操作，更极大的增加了肠道感染患病的风险。轻者引起腹痛、腹泻等症状，重者有可能对肠道造成无法恢复的损害。
