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攻略先来个ps版的救救急，据说和pc版无差别的
故事开始于独角兽兵团的营帐内，主角最好的朋友乔伊（ジヨウイ）走进营帐，和主角交谈，两人都已等不及回家乡卡洛街（キヤロの街）了，并且谈到主角姐姐那那米（ナナミ）。乔伊（ジヨゥイ）说和约已经签署，战争总算结束，也许那那米（ナナミ）她正盼着大家回家乡呢。接着会出现选择项，选1的话，可以到外面逛逛；选2就会直接上床休息。
正在休息的主角突然被外面的嘈杂声惊醒，接着听到营地被攻击的消息。乔伊（ジヨウイ）也醒了，在他加入队伍之后，两人跑到营帐外，火光冲天，本兵团队长劳伍德（ラウド）跑了过来，告诉主角，营地被毁约的都市同盟军队突袭，让大家往东边逃。跑到东边尽头时，乔伊（ジヨゥイ）突然停住了脚步，出现两个选项，选1：主角问他为何停了下来。乔伊（ジヨゥイ）说，继续前进可能会遭到敌人的埋伏。于是两人返回原地，打算征求一下队长意见，却看到队长正在和王国的卢卡（ルカ）王子谈话。原来那条路上果然有伏兵，而这一切都是卢卡的阴谋，他不想和约生效，就想把这整个兵团消灭，这样对内对外都会有继续发动战争的借口。此时的选项1，立即往北边逃走；选项2，主角将质问队长，并发生战斗，最后还是得往北方逃。来到最北悬崖处，无路可去，队长带着几名士兵来袭。打败他们后，出现选项，选择3次1之后再选2的话，队长再次带着兵出现，打败他们之后，继续反复出现选择项；直接选2的话，主角和乔伊（ジヨウイ）决定跳进急流。这里有一点好玩的，如果打败的士兵达到108批（注意不是人）之后再跳下悬崖，接下来原本是棕黄色的回忆画面就会变成彩色回忆画面（当初我经过2个多小时的战斗才达成这个折腾人的条件，还要注意避免按键错误）。跳崖前，乔伊（ジヨウイ）在旁边石头上刻下标记，以便以后回到此地有个纪念，并让主角也做出承诺。选择1，主角会自己上前刻上标记，选项2，乔伊（ジヨウイ）将代主角刻下标记。两人无所畏惧的跳下了山崖。
接着会出现关于主角参军前的棕黄色（彩色）回忆画面并配有系列名曲reminiscence（第一次玩的话没什么感觉，第二次以及更多次时，就热泪盈眶了，相比较棕黄色的画面更有震撼力）。
主角在河边被维克多（ビクト-ル）叫醒，被询问几句之后，得知他是都市同盟的人，弗利克（フリック）出现，调侃了几句，主角被他们带到了佣兵队之寨（佣兵队の岩）。早上，一个叫保罗（ポ-ル）的人让主角去把屋内的箱子推到墙壁旁边，主角干完活并收起地上的绳子。次日，他又让主角去取两双靴子，三颗打火石，两袋面粉。主角到上方的打铁屋取得打火石，在左下方的仓库取得靴子。来到楼上右边的道具屋，得知面粉已经没有了。主角回到保罗（ポ-ル）处报告，他让主角到附近的柳柏村（リコ-ベの村）买。上楼到中间的蕾欧娜（レオナ）处，她会派艮艮（ゲンゲン）和主角一同前往，而出门时托塔（トウタ）也会暂时加入。往东北来到柳柏村（リコ-ベの村），可以到处看看并在宿屋存档也可直接前往道具屋，取得面粉后就可以回佣兵队之寨（佣兵队の岩）。
第三天，保罗（ポ-ル）让主角去擦掉地上的油污，完事后就可以休息。夜晚，主角突然听到乔伊（ジヨウイ）的呼唤声，大声答应他后，乔伊（ジヨウイ）就会出现将主角救出，两人准备逃走，可是刚上楼梯就被弗利克（フリック）等人抓住，被询问一些情况后，再次关了起来。在牢房里乔伊（ジヨウイ）告诉主角，跳入急流后，他被托托村（トトの村）的人救起并受到照顾，这几天听说有人被抓到佣兵队，他赶过来看看。深夜，乔伊（ジヨウイ）和主角决定想办法逃跑。两人打开牢门，上到顶楼阳台，利用绳子逃离这里。
再次来到柳柏村（リコ-ベの村），在村中央看到有三个杂耍艺人在做表演。主角和乔伊（ジヨゥイ）就上去看热闹，没想到后来主角竟然被艾莉（アイリ）请去做飞刀表演。选择3次1，完成表演后，得知他们三个正准备到卡罗街，于是大家决定暂时结伴一起走。
出村往北走来到燕北山顶，两名士兵不准众人通过，还好经过莉娜（リイナ）和士兵的"成人谈话"，终于被放行了。打倒山顶的怪物后，继续向北终于回到了故乡卡罗街（キヤロの街）。大家道别之后，乔伊（ジヨウイ）和主角各自回家看看。往左走，可以看到主角的家，先别急着进入，来到屋子后的大树处，调查3次可以得到飞鼠同伴（必须这个时段调查，否则……）。进门，房间左下方可以获得旧书第一册。从后门出去看到那那米（ナナミ）正在师傅墓前祈祷，当她看到主角时，显得非常高兴，询问主角和乔伊（ジヨウイ）的情况。她说外面传闻主角和乔伊（ジヨウイ）背叛了王国，正受到通缉，于是两人决定赶快逃走。那那米（ナナミ）加入后，来到房屋中央，调查一下箱子上的三个瓶子，可以选择，1是大的；2是中等的，师傅喜欢；3是小的，那那米（ナナミ）亲手做的。随便选一个，然后出门。外面王国军队士兵已经赶到，战斗胜利后，队长劳伍德（ラウド）再次出现，最终姐弟俩还是被抓住了。另一方面，乔伊（ジヨゥイ）遭到家族的遗弃，也被王国军逮捕了。
在牢房里，三人聚在一起，听到队长解说卢卡（ルカ）王子的新计划，他将陷害主角和乔伊（ジヨウイ）为消灭独角兽军团的都市同盟间谍，并将以叛国罪处死。在通往刑场的路上，遇到了王国公主吉尔（ジル），她似乎对主角和乔伊（ジヨゥイ）这两个少年做间谍感到奇怪。乔伊（ジヨウイ）愤怒的对公主说，不是他们背判了王国而是王国背判了他们。到达刑场，准备行刑时，维克多（ビクト-ル）和弗利克（フリック）突然出现，打倒了所有士兵救出主角和乔伊（ジヨウイ）两人，队长马上逃走了。几个人为搭救那那米（ナナミ）赶到牢房，没想到正好看见那那米（ナナミ）使用一名叫"花鸟风月百花缭乱龙虎万岁拳"的超级必杀将士兵吓跑，原来她正想越狱救主角和乔伊（ジヨウイ）呢。
众人回到佣兵队之寨（佣兵队の岩），维克多（ビクト-ル）建议主角去找几个同伴加入壮大力量。于是主角等人在蕾欧娜（レオナ）处编成队伍后再次来到柳柏村（リコ-ベの村），看到宿屋外躺着一个人，谈话后得知此人里奇玛尔（リキマル）好几天没吃饭，带他到宿屋吃饱饭，选1付了3000元后，他就会加入。村子右上方有一个走来走去的女孩，交谈选择2，1之后，她会加入队伍并请主角帮她找回宠物。由此往上进入森林，往右走就会看到那个女孩的宠物，但没想到它竟然主动进攻主角等人，战斗胜利后，女孩真正加入。往森林左边一直走，看到地上有只小鸟，将小鸟放回树上继续前进，直到一间空屋。原路折回小鸟处，会见到一猎人和一条狼狗。交谈选择两次1，就可让他们加入，然后出村往西北走（记得带上那那米（ナナミ））。
一进托托村（トトの村），一个名叫比莉卡（ビリカ）的小女孩就迎上来向乔伊（ジヨウイ）打招呼，原来当初是他们家救了跳下山崖的乔伊（ジヨウイ）。她请主角等人到她家做客，此时如果队伍中有那那米（ナナミ），进宿屋能找到一个向那那米（ナナミ）讨债的家伙并强行加入了我方。来到比莉卡（ビリカ）家中，见过她父母之后，她又会把主角和乔伊（ジヨウイ）拉入她的房间。说是她爸爸的生日快到了，请主角等人帮忙到缪斯(ミコ-ズ)市买一个护身符作为礼物送给她爸爸。主角答应了，从村子左边的桥离开，继续西行就能来到缪滋（ミコ-ズ）市。找到道具屋，买下护身符。在托托村（トトの村）村口，发现气氛有些不对，村里一片狼藉，在比莉卡（ビリカ）家周围看到比莉卡（ビリカ）正在伤心的哭着，说家人都被害了。这时一名叫阿普尔（アツプル）的人走了过来，交谈之后，得知这一切又是卢卡（ルカ）带领下的王国士兵干的。她还会询问主角维克多（ビクト-ル）的下落，于是主角等人带着她和比莉卡（ビリカ）返回佣兵队之岩（再进一次村子，能收到一位同伴）。
来到佣兵队之岩（佣兵队の岩）顶楼的会议室，找到维克多（ビクト-ル），阿普尔（アツプル）就会将经过告诉他，而主角等人则先回房休息。之后，蕾欧娜（レオナ）进来找主角，说维克多（ビクト-ル）有事找。于是主角上楼找到维克多（ビクト-ル），他要主角去柳柏村（リコ-ベの村）找到一个叫蔡（ツアイ）的人以便修好长久没有使用的火炎枪。于是主角等人再次来到柳柏村（リコ-ベの村），进入森林，在之前见过的空屋中稍作等待，就会碰到蔡（ツアイ），交谈后他就会加入。出森林的时候，会看到卢卡（ルカ）和他军队屠杀村民的情景，由于现在实力有差距，主角等人只好忍耐。
回到佣兵队之寨（佣兵队の岩）的会议室，维克多（ビクト-ル）让主角先到缪滋（ミコ-ズ）市躲避一下，出现选项：1的话表示同意，跑来跑去一番周折后还得回到佣兵队之岩（佣兵队の岩）参加战斗；2的话，主角将和弗利克（フリック）单挑，只要让他费血就可以了。还是选2好，单挑胜利后，维克多（ビクト-ル）就会让主角和乔伊（ジヨウイ）组队参加战斗。第二天早晨，来到屋外和维克多（ビクト-ル）谈话既可开始战役事件。第一场战斗，依靠火炎枪，取得了胜利；第二场战斗，由于卢卡（ルカ）的援军突然出现，佣兵队之岩（佣兵队の岩）失守了。弗利克（フリック）让大家赶快逃跑，乔伊（ジヨウイ）说先去找到比莉卡（ビリカ），于是主角和他上楼来到会议室，看到卢卡（ルカ）正要向比莉卡（ビリカ）下手，两个人拼尽全力也不是卢卡（ルカ）对手。突然间窗外发出爆炸声，同时维克多（ビクト-ル）和弗利克（フリック）赶了上来，他们说为了拖延时间已经把剩下的火炎枪引爆了。大家通过小路前往缪滋（ミコ-ズ）市。
再次经过托托村（トトの村）时，比莉卡（ビリカ）一个人先跑进了村子右边的托托之祠（トトの祠），主角等人跟了进去。一道亮光，主角和乔伊（ジヨウイ）被带到了奇怪的地方，往前走遇到了半个门之纹章拥有者莱格娜特（レックナ-ト），她说两人是受宿命所引来到这里，并且让两人继续往前走。主角乔伊（ジヨウイ）眼前都出现了童年的回忆画面（BGM是"days past"，同样让人感动不已），最后来到洞窟深处，两人各自继承了27真纹章之一始之纹章的一半：主角继承辉盾之纹章；乔伊（ジヨウイ）继承黑刃之纹章。之后，两人被送回原处，大家继续赶往缪滋（ミコ-ズ）市。在缪滋（ミコ-ズ）市门口，由于没有通行证，守卫无论如何也不让主角等人进入，大家只好来到东面的白鹿亭。一进宿屋就会看到阿雷克斯（アレツクス）在说自己发现了辛达尔族的遗迹（シンダル族遗迹），需要帮手，但没什么人搭理他。第二天，又看到阿雷克斯（アレツクス），他正因为没人相信在发火。那那米（ナナミ）上前和他交谈，得知他有进入缪滋（ミコ-ズ）市的通行证，于是众人商量决定帮他寻宝，成功后作为交换，他将把通行证送给主角。在右边遗迹入口，阿雷克斯（アレツクス）打开门，主角等人进入遗迹。打败boss，最后在遗迹内找到一个宝箱，阿雷克斯（アレツクス）迫不及待的打开，里面却只有一株药草，他大失所望，在遗迹入口将药草丢在了一边。回到宿屋，店主也就是阿雷克斯（アレツクス）的妻子希尔妲（ヒルタ）却昏倒了。主角回到遗迹入口，捡起阿雷克斯（アレツクス）丢下的药草然后返回宿屋，和那那米（ナナミ）谈话，让希尔妲（ヒルタ）服下药草，果然病情就好转了。
得到通行证的主角再次来到缪滋（ミコ-ズ）市门口，那那米（ナナミ）和大家商量半天，但最后还是没能骗过守卫，被关进了牢房。夜晚，乔伊（ジヨウイ）谈起自己的梦想，希望有一天能使比莉卡（ビリカ）这样的小孩安宁的生活下去。次日早上，维克多（ビクト-ル）和弗利克（フリック）赶来到了牢房，并让我们到北边的市政厅去，同时告诉我们蕾欧娜レオナ）在宿屋。来到宿屋将比莉卡（ビリカ）暂时交给蕾欧娜（レオナ）照顾，出门穿过纹章店的时候会出现一个叫做艾尔沙（エルザ）的女子，她说有坏人正在追她，请主角代为保管一件物品。之后，又出现一个叫克莱夫（クライブ）的火枪手，他会问主角有没有见到金发女子，无论怎么回答，他都会离开继续追寻艾尔沙（エルザ）（这两人背后又是夹杂着伤感的友情与爱情）。来到市政厅，见到这个市的市长安娜贝尔（アナベル）和他助手杰斯（ジエス）。女市长似乎很了解主角和那那米（ナナミ）的事，听到主角师傅一年前已去世的消息后，她甚至自言自语说无法弥补对师傅犯下的过错，接着说以后有时间会把一切情况都告诉主角。最后主角三人被杰斯（ジエス）带出了房间，在市政厅内右边房间，杰斯（ジエス）会请主角和乔伊（ジヨウイ）帮忙潜入王国军营侦查一下敌方粮草数量，可以立即选2接受这个任务（也可先选3次1，调查周围的架子得到旧书），得到杰斯（ジエス）给的两套王国军军服，主角等人离开市政厅。在市政厅门外还能遇到托塔（トウタ），他会带主角去见他师傅，交谈过后他就会加入。回到宿屋打点好一切后，准备出城。但在城门附近，艾尔沙（エルザ）会再次出现，将音set道具送给主角作为帮她保管物品的感谢，克莱夫（クライブ）同时也追了过来，两人相继跑出了城。
进过东北方的关卡，往东边通道走不远可以到达山道路口。一直往里走，最后来到王国军营附近，主角和乔伊（ジヨウイ）换上王国军军服，其他人则在此等待。进入军营后，机灵的乔伊（ジヨウイ）骗过守卫，使两人顺利来到仓库完成调查，出门时却不料被队长劳伍德（ラウド）撞见，两人立刻躲进中间一个豪华的营帐中。这里遇到了当初见过一面的王国公主吉尔（ジル），她把主角和乔伊（ジヨウイ）藏了起来躲过了劳伍德（ラウド）的追查，还给两人泡了茶并回忆起当时见面的情景，希望两人原谅王国曾经对他们的背叛，后来她又说起她也不同意她哥哥卢卡（ルカ）的所作所为，也想要为阻止大规模战争做点什么。离开营帐，队长已经劳伍德（ラウド）带着士兵等了很久，击退部分士兵后，乔伊（ジヨウイ）让主角先回去找那那米（ナナミ）等人，他在后面做掩护，随后会赶上来。当主角回到那那米（ナナミ）处时，只见王国军士兵的追击，却仍不见乔伊（ジヨウイ），此时选择项选1，离开这个地方再说。
回到缪滋（ミコ-ズ）市，市政厅正在开会无法进入，于是主角等人先行回到宿屋，正巧维克多（ビクト-ル）和弗利克（フリック）也在，把一切告诉他们俩后，维克多（ビクト-ル）带着主角等人冲进市政厅质问杰斯（ジエス），为何让主角和乔伊（ジヨウイ）作这么危险的事情。安娜贝尔（アナベル）向主角道歉并表示感谢，但她同时说现在还无法出兵营救乔伊（ジヨウイ），军队还要保护整个城市。回到宿屋，那那米（ナナミ）很担心乔伊（ジヨウイ）的安全，主角安慰她说乔伊（ジヨウイ）肯定没事，那那米（ナナミ）还是不放心，跑到城门外等乔伊（ジヨウイ）回来。主角跟着她来到城门外，一直等，那那米（ナナミ）会让你回去休息，不断选1就是继续等待；选2的话主角会回到宿屋休息直到乔伊（ジヨウイ）和那那米（ナナミ）等人回来。不断选1的时候，那那米（ナナミ）会谈起以前的事情，有一次主角也很晚没回家，那那米（ナナミ）和乔伊（ジヨウイ）也是这样一直在等下去。终于，乔伊（ジヨウイ）如他承诺平安回来。
第二天早上，主角，乔伊（ジヨウイ），那那米（ナナミ）三人来到城市内西北的鸠斯顿之丘（ジヨウストの丘），在维克多（ビクト-ル）弗利克（フリック）帮助下进入会议厅。傲慢的骑士团长撞了那那米（ナナミ），红骑士卡缪（カミュー）连忙向那那米（ナナミ）道歉。后来得知王国军已经逼近并准备进攻缪滋（ミコ-ズ）市。回到宿屋，安娜贝尔（アナベル）和阿普尔（アツプル）都在，市长请维克多（ビクト-ル）也帮忙抵抗王国军，这是乔伊（ジヨゥイ）也提出想加入战斗的要求，主角同意了。次日早上，准备妥当后，开始战役事件。由于敌方将领吉尔巴特（キルバ-ト）的倒戈和骑士团援军的加入，都市同盟军获得胜利。
在宿屋二楼，那那米（ナナミ）找到主角，说想谈一些事情，房间另一侧乔伊（ジヨゥイ）正在和一个叫卡盖（カゲ）的忍者谈话。第二天，按照先前说好的，主角，乔伊（ジヨゥイ）和那那米（ナナミ）来到市政厅找安娜贝尔（アナベル）谈主角师傅的事情，但安娜贝尔（アナベル）让他们晚上再去。回到宿屋，主角对那那米（ナナミ）说，乔伊（ジヨゥイ）有点奇怪。在市政厅门外，主角看到乔伊（ジヨゥイ）正在和一个忍者谈话，忍者突然消失，于是主角上前询问，但乔伊（ジヨゥイ）不肯多说。夜晚，可以看到维克多（ビクト-ル）和安娜贝尔在市政厅喝酒，并聊了好久。维克多（ビクト-ル）走后，乔伊（ジヨゥイ）也来到市长办公室，在询问清安娜贝尔（アナベル）究竟为何而战后，乔伊（ジヨゥイ）一句对不起之后，举起手中的小刀向女市长冲了过去。当主角和那那米（ナナミ）来到办公室，首先看见流着血躺在地上的市长，旁边正是拿着小刀的乔伊（ジヨゥイ）！主角质问乔伊（ジヨゥイ），乔伊（ジヨゥイ）并没有回答，匆匆逃走了，只留下主角和那那米（ナナミ）。刚好杰斯（ジエス）也来到办公室，看到这场面，想当然的认为是主角刺杀了市长，又跑出去叫医生。奄奄一息的安娜贝尔（アナベル）和主角说了几句，让主角赶紧离开这个城市。回到宿屋，蕾欧娜（レオナ）告诉主角维克多（ビクト-ル）等人已经赶往萨斯温多市（サウスウインドウ市），于是主角和那那米（ナナミ）还有比莉卡（ビリカ）也动身出城。由于夜已很深，三人在路边的大树下休息了一晚，那那米（ナナミ）表示开始厌倦战斗，想要过安宁的生活。
主角来到克洛尼村（コロネの村），找到最下方的码头想乘船，却被王国军拦住。在宿屋，会再次见到三个杂耍艺人，聊了一会，原来他们三个也想去南窗市。来到码头右边的屋子，看到一个叫希拿（シ-ナ）的正从屋子出来。进屋找到太河（ダイ，ホ-），赌博获胜后，他们就同意载主角等人过河。回宿屋找到三个艺人，然后一起上船。
经过库斯库斯村（クスクスの村）往南就是萨斯温多（サウスウインドウ）市，一进去看到了维克多（ビクト-ル），接着来到宿屋，与弗利克（フリック）交谈，原来其他同伴还没到。主角等人来到此地市政厅找到市长，市长说最近发生不少年轻女性失踪事件，请维克多（ビクト-ル）到诺斯温多村（ノ-スウイドウの村）调查，并派出副官弗里德·Y（フリ-ド.Y）帮忙，其间还得知原来维克多（ビクト-ル）的故乡就是诺斯温多村（ノ-スウイドウの村）。回宿屋，艾莉（アイリ）也加入队伍。
进入西北方的诺斯温多村（ノ-スウイドウの村），这里似乎已经被废弃了好久，维克多（ビクト-ル）告诉大家，一切都是因为吸血鬼奈克罗德（ネクロード）。这时，3年前就该已经消失的奈克罗德（ネクロード）突然出现，开始进攻主角，结果众人完全不是他的对手，选2的话可以不战斗。维克多（ビクト-ル）说要打败吸血鬼必须拿到星辰剑，继而前往西南方的风之洞窟。进入洞窟不久会遇到幻水世界中吸血鬼猎人家族一员，名字叫卡恩（カーン），另外注意他的姓氏不叫贝尔蒙特，嘿嘿。谈话后，他会暂时加入队伍协助消灭吸血鬼。在洞窟最深处就会找到沉寂了3年的星辰剑，星辰剑对维克多（ビクト-ル）3年前把自己扔在这里依然感到很恼火，竟然和众人打了起来，打败它后，维克多（ビクト-ル）再次装备上星辰剑。
重返北窗村，在最深处找到奈克罗德（ネクロード），维克多（ビクト-ル）看穿他诡计之后，奈克罗德（ネクロード）留下一个骷髅boss，自己逃之夭夭。消灭这个boss后，卡恩卡恩（カーン）要继续追查吸血鬼离开了队伍，其他人要出村时，看到弗利克（フリック）等人赶来，原来萨斯温多（サウスウインドウ）市已被王国占领，市长被杀。主角等人只好留在这个城堡，此时会出现两个选项，选1可以自由行动，找同伴加入之后回到此地，直接选2的话，阿普尔（アップル）会建议先去找军师修（シユウ）。
来到东边的拉达特街（ラダトの街），找到修（シユウ），在阿普尔（アップル）详细叙述形势后，修（シユウ）却觉得自己活得好就可以了，始终不肯帮忙，甚至在酒场阿普尔（アップル）下跪求他，他也还是独自离去。在鉴定屋外看到一个叫里奇蒙多（リッチモンド）的侦探，他说可以帮助主角调查修（シユウ），选1同意后，到宿屋休息。晚上侦探来到宿屋告诉主角，修（シユウ）明天早上将会在村东的水闸处出现办事。第二天一早，主角等人来到水闸处，见到修（シユウ）。眼看修（シユウ）把一个金币扔进河里，他又说如果主角等人能找到那个金币，他就会加入。找到水闸看守，选几次2后，就和他单挑，取胜后就可以进入河中找金币。最后终于找到了金币，修（シユウ）此时也恰好出现遵守约定加入我军，同时他很奇怪主角等人怎么可能找到金币，因为当时他扔进河的其实是块石头。这时，画面上方目睹这一切的侦探说了句“调查任务完成“。
回到根据地城堡，在二楼广场，军师修（シユウ）解说了他的作战计划，之后主角回房休息。第二天，开始战役事件，获胜后回到广场，众人都因为主角是当年的英雄的儿子并且右手同样带有辉盾之纹章而推举主角当首领，但主角自己却犹豫不决。晚上，主角和那那米（ナナミ）来到酒馆找到维克多（ビクト-ル），选1，维克多（ビクト-ル）会告诉主角30年前的故事。
30年前，同样是王国和都市同盟间的一场战争，但挑起战火的是都市同盟首领，安娜贝尔（アナベル）的父亲达雷尔（ダレル）。当时的王国军由著名将领哈恩（ハーン）率领，而达雷尔（ダレル）对带兵打战则是个门外汉，还好当时主角师傅也是父亲帮助都市同盟抵抗住了王国军的反攻。哈恩（ハーン）和主角父亲在同一个村子长大，也是最好的朋友，所以后来通过他们俩的努力，都市同盟和王国间初步达成和约。但达雷尔（ダレル）对此很不满意，不肯把卡洛街交还帝国。眼看战争又要爆发，当时王国的国王提出让哈恩（ハーン），主角师傅两人进行比武，由结果决定卡罗街的归属。国王将自己的佩剑交给哈恩（ハーン），达雷尔（ダレル）也将自己的剑交给主角父亲，决斗开始，但是主角父亲毫无斗志，连剑也没举过。显然，哈恩（ハーン）代表的王国军获得胜利。卡洛街就重新归属于王国，主角父亲从那之后就被流放，一时间被认为是同盟的背叛者。直到后来达雷尔（ダレル）卸任，事情的真相才逐渐传开：原来比武时达雷尔（ダレル）给的那把剑染过毒，被主角父亲识破，在没有其他办法的情况下，只好主动认输。主角父亲的罪名洗刷了，但他再也没有回到过都市同盟。听维克多（ビクト-ル）讲完这个故事，主角回房休息。早上来到广场，再次找军师谈话，最终主角当上了同盟军首领。门之纹章继承者莱格娜特（レックナート）再次出现，派出路克（ルック）加入我军，同时带来一块约束的石板。
在根据地门口遇到菲恰（フイツチヤ-），谈话后再到二楼广场找到他，原来他是请主角去托利瓦（トウ-リバ-）市缔结同盟的，然后他会随队同行。现在可以到各地收得不少同伴，最主要是在库斯库斯村（クスクスの村）右边先收到能驾船的太河（ダイ·ホ-）。准备好一切后，将太河（ダイ·ホ-）调入队伍，前往二楼广场，交谈后，选择同伴来到根据地码头，乘船到西面的雷克崴斯特街（レイクウエストの街）。一上岸，菲恰（フイツチヤ-）就先离开了。出村继续往西就来到托利瓦（トウ-リバ-）市，这是个人类，考布鲁特（犬人），有翼人共同居住的地方。一进城门主角就被一个有翼人少年撞了一下，来到市政厅门外和守卫对话，才发现身上的钱都不见了，同时不见的还有介绍信。这时主角等人才意识到都被刚才那个少年偷走了，于是追着少年跑，但还是被他逃走了。回到人类居住区，看到菲恰（フイツチヤ-）正在被利德里（リドリー）将军骂，主角上前说明情况后，便可以进入市政厅，和市长谈话后，被安排到宿屋休息。宿屋二楼又会遇到那个有翼人少年，他似乎对人类很不信任的样子，匆匆飞走。第二天早上，来到市政厅会看见市长和利德里（リドリー）将军正在争吵，不久利德里（リドリー）自行离去，选2，市长让主角去找利德里（リドリー）。来到精灵居住区想问一下情况，守卫却不让主角等人进入，只好回去。途中，那个有翼人少年又出现偷了菲恰（フイツチヤ-）钱包，众人追着他进入下水道。不断深入并打败boss，找到了下水道出口，发现已经来到了考布鲁特居住区。利德里（リドリー）出现，谈话后得知原来市长想要私自作决定和王国签和约，但利德里（リドリー）不同意感到人类不可信任。于是主角回到人类居住区，找市长谈话，最后市长也同意了大家的意见，终止签订和约。出了市政厅，又一次遇到那个有翼少年，他会带着你到有翼人居住区见他奶奶，从而取得了有翼族的信任，之后回到宿屋休息。
第二天，王国军将领基巴（キバ）果然破坏和约开始进攻托利瓦（トウ-リバ-）市。战斗一次后，菲恰（フイツチヤ-）让主角去找利德里（リドリー）帮忙，选2之后，前往犬人居住区找到利德里（リドリー），但是他还不肯帮忙。回到战场，有翼人精灵族相继会加入战斗，不久，军师修（シユウ）带着援军赶到，王国军只好撤退。画面会转到卢卡（ルカ）的营帐内，由于进攻主角根据地失败，王国军将领索伦·基（ソロン?ジー）被处决；同时一旁的乔伊（ジヨゥイ）会自告奋勇带领5000士兵进攻格林希尔（グリンヒル）市。来到市政厅市长办公室，谈话过后，几名同伴加入。在城门附近，选1有翼人少年也会加入。
接下来可以到各地争取更多同伴加入。在雷克崴斯特街（レイクウエストの街）宿屋遇到过希格斯（ヒックス）和坦伽尔（テンガア-ル）后，来到南方的考布鲁特村（コボルトの村），看见他俩说要寻找传说中的独角兽。来到上方村长的房间，谈话后在此休息一晚。第二天，坦伽尔（テンガア-ル）病了，村长说她是中了诅咒，需要分别到南窗市道具屋取得蓝石，主角等人取得后回到这里，村长又说去风之洞窟找到红花，拿到手后返回，村长又说还需要到托利瓦（トウ-リバ-）市的下水道取得绿玲。一番周折后，第3次回到考布鲁特村（コボルトの村），坦伽尔（テンガア-ル）却已经不见了，村长说，她应该在独角兽森林。进入村子上方的独角兽森林，在最深处会找到坦伽尔（テンガア-ル），村长等人也来了，原来之前一切都是坦伽尔（テンガア-ル）的计划，她只是在装病，只不过想考验一下希格斯（ヒックス）的勇气。这时独角兽突然出现，村长等人都被吓跑，而希格斯（ヒックス）留了下来保护坦伽尔（テンガア-ル），接着独角兽又神秘消失。回到村长房间，交谈后，坦伽尔（テンガア-ル）希格斯（ヒックス）加入队伍。
把一切目前能收到的同伴都找到，回到根据地二楼广场，修（シユウ）说，格林希尔（グリンヒル）市已被王国军占领，为营救其市长，让弗利克（フリック），主角带上几个学生样子的同伴前去调查。一切准备好后，进入格林希尔（グリンヒル）市。主角等人假扮成大学新生，弗利克（フリック）则作为监护人骗过了守卫。在街上会看到一个叫尼娜（ニナ）的女孩被王国军士兵欺负，弗利克（フリック）主角等人赶走了士兵。进入上方的学员，与接待处的艾美莉亚（エミリア）谈话后，她会带着众人参观学院，其间会看到市长保镖辛（シン），并得知市长已经失踪。出了学院，会遇到尼娜（ニナ），她对弗利克（フリック）很有兴趣，强行拉着他四处逛去了。来到左方的学院宿舍报道，主角会被安排到二楼休息。夜晚的时候，尼娜（ニナ）会对那那米（ナナミ）说些莫名其妙的话，看来是误以为那那米（ナナミ）对弗利克（フリック）也有意思了。早上出宿舍，弗利克（フリック）告诉主角辛（シン）很可疑，要调查一下新。在宿屋旁边会看见队长劳伍德（ラウド）在调查市长的下落，这时辛（シン）出现赶走了劳伍德（ラウド）。主角等人跟着新进入学院，但之后辛（シン）就没了踪影。主角只好回宿舍休息，尼娜（ニナ）又会出现并吓那那米（ナナミ）说这里有幽灵。早上再次进入学院，在接待处左侧又看见尼娜（ニナ），她会问弗利克（フリック）哪里去了，并让那那米（ナナミ）不要打弗利克（フリック）的主意。在市中心，看到菲恰（フイツチヤ-）被村民围攻，弗利克（フリック）上前解救了他。菲恰（フイツチヤ-）对市长失踪也一无所知，弗利克（フリック）说再去学院调查一下，但前往学院又会碰到尼娜（ニナ），一见到她，弗利克（フリック）就飞也似的逃走了。晚饭后，尼娜（ニナ）照例出现教训那那米（ナナミ）一顿。午夜时候，那那米（ナナミ）说听见怪声，于是几个人四处调查，看到一个黑影，在地窖里调查没有打开的灯，就会开启一扇门，穿过密道会发现来到了学院内，继续追着黑影跑，发现黑影竟是弗利克（フリック），原来他正在跟踪辛（シン），调查左方雕像，又一道暗门会打开。进入山路，在深处找到市长，她原来一直躲在这里，交谈后了解一些情况，此时她还不愿意跟着主角等人走，主角就回到宿舍休息。第二天在市中心，队长劳伍德（ラウド）正在悬赏缉拿市长，主角和那那米（ナナミ）还看到了成为王国军将领的乔伊（ジヨゥイ）。比莉卡（ビリカ）此时很激动走了过去，那那米（ナナミ）连忙把她拉了回来，由于身份已经暴露，主角只好奔向学院的密道。来到市长的藏身处，除了市长，辛（シン），还会看到尼娜（ニナ），原来尼娜（ニナ）也一直在帮助市长。几个人回到学校，又碰到劳伍德（ラウド）队长。几场战斗后，尼娜（ニナ）带来一大批村民吓走了劳伍德（ラウド）。最后市长终于答应跟我们到根据地去，众人从学院密道离开格林希尔（グリンヒル）市。山路中，会遇到乔伊（ジヨゥイ），他说战争才刚刚开始希望主角和那那米（ナナミ）离开同盟军，之后让主角自由离开了。接着看到队长劳伍德（ラウド）赶了上来，问乔伊（ジヨゥイ）为何放走主角，乔伊（ジヨゥイ）却说没看到任何人。于是劳伍德（ラウド）威胁说要告诉卢卡（ルカ），这时王国军的两将领也说没看到任何人，劳伍德（ラウド）只好离开。原来不仅仅是乔伊（ジヨゥイ），这两位将领也不赞成卢卡（ルカ）的行为，宁愿为乔伊（ジヨゥイ）效力。
回到根据地二楼大厅，和修交谈后，回屋休息一晚。王国方面，乔伊（ジヨゥイ）向卢卡（ルカ）提出迎娶他妹妹也就是公主吉尔（ジル）作为奖赏。在二楼大厅，修建议主角去联合马蒂尔达骑士团（マチルダ騎士団）的力量，于是主角等人前往格林希尔（グリンヒル）北面的骑士团山路。在骑士团山路中选1可以收到有瞬间转移能力的薇姬（ビツキ-）。
来到骑士城堡洛克亚克斯城（ロツクアツクス城），找到团长葛尔多（ゴルドー），他让红骑士卡缪（カミュー）带着主角等人去休息。次日下楼去会议室，听说王国军正在追击缪滋（ミコ-ズ）市难民，蓝骑士麦克洛托夫（マイクロトフ）建议团长前去营救，于是红骑士卡缪（カミュー）会问主角的打算，选1可以观察战况。战斗结束后，蓝骑士准备单独去缪滋（ミコ-ズ）市调查情况，红骑士让主角等人协助他。
途中经过街道之村，到宿屋和汉福里（ハンフリ-），谈话得知他正在寻找龙，之后他请主角免费休息一晚。睡醒后出宿屋听说北方洛帝山有龙出没，另一个龙骑士富奇（フッチ）的朋友听了之后似乎想上山找龙去。回到宿屋将情况告诉汉福里（ハンフリ-），选2后，众人打算明天赶往洛帝山。第二天，得知富奇（フッチ）的朋友不见了，于是汉福里（ハンフリ-）和富奇（フッチ）两人加入队伍前往洛帝山。注意这两人剧情一定要在此发生，否则就没机会了。在洛帝山打败boss后，救出了富奇（フッチ）的朋友，并真的找到了一条小白龙，之后选1两人真正加入同盟军。
在马蒂尔达关所（マチルダ关所）终于找到了蓝骑士，带着他进入缪滋（ミコ-ズ）市，但整个城市空无一人，来到左上方鸠斯顿之丘（ジヨウストの丘），看到一个人跌跌撞撞冲了出来，打败追击他的士兵后，交谈得知整个城市的人都被卢卡（ルカ）召唤出来的银色怪兽吞噬了。见此情景，蓝骑士决定回到骑士团请团长与王国军作战。回到洛克亚克斯（ロツクアツクス）城，葛尔多（ゴルドー）还是不肯出兵，于是蓝红骑士决定舍弃骑士身份加入同盟军。
回根据地休息一晚后，前往二楼广场，修（シユウ）说基巴（キバ）的帝国军第3军团似乎占领了拉达特街（ラダトの街），让主角等人去调查情况。来到拉达特街（ラダトの街），这里到处都是帝国军士兵。主角还被基巴（キバ）父子认了出来，选两次2后，他们告诉主角，乔伊（ジヨゥイ）和公主吉尔（ジル）就要举行婚礼了。于是回到根据地，准备妥当后，在大厅和修（シユウ）对话选2即可开始战役事件。第一回合，利德里（リドリー）对修（シユウ）让他的考布鲁特部队排在最前面大为不满，一会就自行撤退了。之后，修（シユウ）只好下令全军撤退。休息一晚，画面会转到乔伊（ジヨゥイ）和吉尔（ジル）的订婚仪式。第二天再到广场准备出战，几个回合后，利德里（リドリー）的部队突然出现在敌人背后。最后敌军全面撤退，同盟军活捉了基巴（キバ）父子。在根据地，主角等人希望基巴（キバ）父子加入同盟军，连选3次2后，正好传来消息，说卢卡（ルカ）毒死了自己的父王，基巴（キバ）父子就加入了同盟军。
在根据地入口会遇到希拿（シーナ），来到二楼广场得知，他是托兰（トラン）共和国大统领的儿子，表示托兰（トラン）共和国希望能和都市同盟结盟，选2同意后，弗里德·Y（フリ-ド.Y）却表示反对，于是主角等人决定带着弗里德·Y（フリ-ド.Y）去托兰（トラン）一趟。先来到萨斯温多（サウスウインドウ）市市政厅，弗里德·Y（フリ-ド.Y）会回忆过去。之后前往拉达特街（ラダトの街），乘船前往托兰（トラン）共和国。往下来到巴纳（バ-ナ-）村，进入巴纳（バ-ナ-）山道。打败boss后来到了托兰（トラン）共和国首都。见到大统领后，选1，选2，他就会说起主角让他回忆起3年前的某人，接着他会让共和国的一位女将军帮助同盟军，1是女剑士巴蕾丽娅（バレリア ），战斗能力较强，2是女忍者卡斯米（カスミ），战斗能力不强，但可以让其他两个忍者提早加入。临走时，还得到一个瞬间镜，希拿（シーナ）也会加入。
接下来可以自由到各地收得不少同伴。完成后，在根据地广场，修（シユウ）说卢卡（ルカ）已经大军来袭，让主角去休息准备战斗，晚上那那米（ナナミ）会说起以前的事。第二天利德里（リドリー）的部队侦察拉达特街（ラダトの街）的时候遭到埋伏，利德里（リドリー）被擒（其实这个事件里还是能让他逃脱的，之后剧情就会稍有变化）。主角准备休息的时候，用枪的蔡（ツアイ）会要求主角陪他回家取东西。睡醒后带上蔡（ツアイ）前往柳柏村（リコ-ベの村）北山道，在他家中，他女儿也会加入。之后，回到根据地大厅，修（シユウ）让大家主要进攻卢卡（ルカ），继续战役事件，注意只要让卢卡（ルカ）的部队插上一把剑，事件就会结束。回根据地后，下到1楼大厅会看到利德里（リドリー）平安归来，他还带来秘密手信说卢卡（ルカ）晚上要来偷袭。选好队伍（第一队，第二队胜利失败无所谓，一个人就可以，关键是第三队要能打败卢卡（ルカ）），准备出战。晚上，卢卡（ルカ）果然来袭，按照计策，打败他后，卢卡（ルカ）还会和主角单挑，最后终于被主角击毙。一国王子的穷途末路，有点可怜。
回到根据地，众人纷纷开始庆祝。另一方面，乔伊（ジヨゥイ）则当上了新国王。主角房间内，那那米（ナナミ）会要求去库斯库斯村（クスクスの村）和萨斯温多（サウスウインドウ）市看看。此时又能收到几个同伴，完成后在库斯库斯（クスクスの村）村宿屋外遇到王国使者库尔冈（クルガン），他说王国想和都市同盟签订和约，并要去根据地看看。带着他到根据地二楼广场，他请主角和格林希尔（グリンヒル）市长一同前往缪斯市签订和约，选2主角就会同意前往。坐船来到北面的克洛尼村コロネの村，继续往北就来到缪斯（ミコ-ズ）市。前往市内西北鸠斯顿之丘（ジヨウストの丘）的会议厅，见到了乔伊（ジヨゥイ）。但是没想到这一切都是王国军的陷阱，乔伊（ジヨゥイ）让主角率领同盟军投降，还好此时维克多（ビクト-ル）冲了进来，将主角等人救了出去，而随维克多（ビクト-ル）前来的比莉卡（ビリカ）则留在了乔伊（ジヨゥイ）身边。回到根据地与军师修对话后，那那米（ナナミ）对军师利用比莉卡（ビリカ）的行为有点不高兴。
在根据地入口遇到一个慌慌张张的家伙柯佑（コウユウ），在二楼大厅内，他说她的同伴被僵尸攻击，请同盟军帮忙。维克多（ビクト-ル）则说，很可能是吸血鬼奈克罗德（ネクロード），于是主角等人前往考布鲁特村（コボルトの村）西南方的龙口之村。在龙口之村上方山道找到柯佑（コウユウ）同伴，交谈后左行通过虎口之村来到西北方的汀特（ティント）市。进入市长家，选1同意帮助他后，他会让人带主角等人去休息。睡醒后下楼，会看到利德里（リドリー）和基巴（キバ）之子克拉乌斯（クラウス）也来到了这里，这时市长小女儿莉莉（リリィ）进来说外面出现了很多僵尸。出外在下方会看到奈克罗德（ネクロード）正在宣称要建立一个僵尸王国，回到市长家，缪斯市的原市长助手杰斯（ジエス）等人也会出现，他看到主角依然非常愤怒。对市长说主角是王国军间谍还刺杀了洛克亚克斯城（ロツクアツクス城），之后自行离开。下面的剧情随选择不同将会有较大的分歧，还能直接达成另外一个结局，所以之前最好存挡。和市长谈话后，继续休息一晚。午夜，来到那那米（ナナミ）房间，她再次会说厌倦了战争，第一个选项无所谓，接着她又会建议主角和她悄悄的离开这里，第二个选项：1，不行；2，说的也是。选2的话，第二天早上主角和那那米（ナナミ）就会悄悄离开汀特（ティント）市[要接着玩3代的人注意在这段情节不可选择逃跑，否则就无法继承纪录]。在克罗姆村（クロムの村），虎口之村相继发生被僵尸围攻剧情，主角因为使用纹章过度而体力不支，其间有选项的话依旧坚持选逃走，一支逃到山道，两人被一剑士（原赤月帝国6将军）救起，对话后继续东行逃到了龙口之村，在这里的仓库稍作休息，接着遇到了赶来的军事修（シユウ），他对主角不负责任的离开，大为恼火，并告诉主角，利德里（リドリー）将军以为主角仍在汀特（ティント）市，而前去营救结果牺牲了（不过他儿子之后会代父从军）。这时又出现选项，如果继续坚持逃走就能看到另外一个主角和那那米（ナナミ）两人隐居的结局。如果同意回同盟军，剧情分歧就此结束。
如果和那那米（ナナミ）谈话选项选1，主角继续回房休息。第二天早上，来到楼下得知僵尸开始进攻，杰斯（ジエス）则单独对付僵尸去了。主角等人想去帮助杰斯（ジエス），来到外面一看，僵尸数量很多，进入右边的矿坑，在里面遇到了吸血鬼奈克罗德（ネクロード），由于维克多（ビクト-ル）不在，主角根本无法攻击到他，三回合后战斗自动结束。正当尼古洛特准备使用月之纹章力量消灭主角和那那米（ナナミ），这时一阵亮光，辉盾纹章保护了主角。赶紧逃到外面，城市已被僵尸占领，而主角体力不支倒了下去，那那米（ナナミ）连忙背着主角向外跑去。
主角醒来的时候已经身在克罗姆村（クロムの）村，出村的时候遇到了久违的吸血鬼猎人卡恩（カ-ン），他说已经找到了办法防止吸血鬼逃走，还说有一个女子也在追踪奈克罗德（ネクロード），她能够彻底封印奈克罗德（ネクロード）。于是主角等人来到虎口之村，遇到了吸血鬼祖宗谢拉（シェラ），原来奈克罗德（ネクロード）几百年前偷了她的月之纹章。战斗后，她就加入了队伍。回到克罗姆村休息一晚，谢拉（シェラ）好像对克拉乌斯（クラウス）很有意思，而克拉乌斯（クラウス）则被吓得慌慌张张。第二天一早，得到消息，市长女儿莉莉被吸血鬼掳走，众人决定通过右边的矿山坑道前往汀特（ティント）市与奈克罗德（ネクロード）决战。在矿山战胜了巨石怪后（谢拉（シェラ）好阴险，明明知道有怪物还让维克多（ビクト-ル）先上前）进入汀特（ティント）市。来到最上的教堂内，找到奈克罗德（ネクロード）进行决战。胜利后，维克多（ビクト-ル）将奈克罗德（ネクロード）斩成碎片，报了3年前就该报的仇。而杰斯（ジエス）也消除了对主角的误会，加入同盟军。
接下来的可以到各地收集几个同伴，之后回到根据地，在一楼遇到希拿（シーナ）后上到二楼大厅与修（シユウ）谈话，准备夺回格林希尔（グリンヒル）市。晚上主角正准备休息，却遭到刺客露西亚(ルシア)的攻击，打败她后可以放了她。第二天，进攻开始。战役事件胜利后，主角等人就由山路潜入市内，途中打败露西亚(ルシア)。在格林希尔（グリンヒル）市入口处，神秘人物尤巴(ユーバー)召唤出一条骨龙对付主角等人，打败这个boss后，格林希尔（グリンヒル）即获得解放。
现在可以收齐全部108星了，完成之后回到根据地大厅，由于骑士团已经投降了王国军，阿普尔（アップル）建议直接攻打缪滋（ミコ-ズ）市。主角同意后，就来到格林希尔（グリンヒル）市，在宿舍外会看到露西亚(ルシア)，随着她再次进入山路，会见到乔伊（ジヨゥイ），他会再次请主角退出同盟军。谈话结束后，回到宿舍，阿普尔（アップル）说一切准备就绪，开始战役事件，消灭露西亚(ルシア)的部队，战斗就会结束。进入缪滋（ミコ-ズ）市，到处都是狼，在市政厅还会遇到金色的狼，打败它后，由于狼数量太多，只好撤出缪滋（ミコ-ズ）市。
回到根据地，在4楼修房间外听到修（シユウ）让基巴（キバ）进攻佣兵队之岩以分散王国军兵力，由于任务很危险，基巴（キバ）考虑再三还是答应了。和修（シユウ）对话后，同意出战。众人就会集结在二楼大厅，如果之前集齐了108星，莱格娜特（レックナート）又会出现，帮你解开纹章的lv4魔法。第二天进攻开始，几个回合，战役事件结束。修（シユウ）安排了计划后，主角等人进入洛克亚克斯（ロツクアツクス）城堡，下面将会有影响结局的剧情，所以最好存档，那那米（ナナミ）身上还需要留有防具。在城堡顶层见到了乔伊（ジヨゥイ），他不让主角等人通过，并且说这次战斗无可避免。这时，葛尔多（ゴルドー）从后方射出4箭，会出现几秒钟的选项，一定要选2让主角喊那那米（ナナミ），而且速度要快。可是为保护主角和乔伊（ジヨゥイ），那那米（ナナミ）还是中了一箭，主角和乔伊（ジヨゥイ）立刻上前将葛尔多（ゴルドー）打倒。军师修（シユウ）此时也会赶来，看到那那米（ナナミ）到在地上，立刻叫来医生，医生诊断后说需要尽快带回根据地，乔伊（ジヨゥイ）见此只好黯然离开，并下令撤军。
在根据地医务室门外，众人在焦急的等待那那米（ナナミ）的消息，不久医生出来了，告诉大家由于那那米（ナナミ）伤势过重，他已经无能为力。众人都很难过，之前相关条件都满足的话，接着医生就会把修（シユウ）请进医务室。
在二楼大厅，修（シユウ）说王国军已经退到了自己的边界线，正是同盟军反攻结束战争的机会。主角同意后，离开大厅时又倒了下去。醒来的时候正好听见，阿普尔（アップル）和修（シユウ）在讨论使用哪个计策，之后回去休息。第二天，开始战役事件，进攻王国皇都。首先是维克多（ビクト-ル）和修（シユウ）的部队成功使用火攻计策将敌方军师的部队消灭；接着的战斗只要有一支部队进入皇都，就会结束。
在皇都外，一切准备好后（皇都西北有个叫沙加的村子可以提升武器lv），主角带上同伴进入皇宫进行最后的决战。先后打倒露西亚(ルシア)，当年主角父亲的对手哈恩（ハーン）（单挑），两位王国军将领希德（シード）和库尔冈（クルガン），以及最后boss兽之纹章，其间会看到乔伊（ジヨゥイ）安排吉尔（ジル）和比莉卡（ビリカ）离开王都前往神圣国，让她们开始新生活。王座前已经空无一人，整座城堡也开始晃动，只好逃出皇都。
第二天，在根据地广场，众人都推选主角成立新的国家以对抗北面的神圣国。这时依照不同选项可以达成不同结局。选1就直接是主角当上国王的结局。选3的话，主角会自行离开大厅。回到卡洛街（キヤロの街）街，从树下挖出当年和乔伊（ジヨゥイ）埋下的宝贝，再往西北来到天山之卡，回到一切开始的地方，当时的跳崖处，会见到乔伊（ジヨゥイ）。
乔伊：你.....终于来了。正如当初承诺的那样，我们再次聚在这里。这里是一切开始的地方，经过那么久的并肩战斗，我们还是在这开始走向了不同的道路。但是....我没有遗憾，如果说有遗憾，那就是当初我不得不背叛同盟，刺杀了安娜贝尔。我们之间太过相似，连目标也是一样，但我失败了。当时在王国营地，你们逃离后，我就被抓了，后来见到了卢卡。虽然我很讨厌这个战争疯子，但觉得也许可以利用他的力量。因为我曾认为，只要我有了足够的力量，就能保护所有人并能建立一个没人会受到伤害的地方。但是....算了，来吧，这是最后一战。
出现选项，选1的话单挑只会获胜，乔伊就会死去，主角能继承所有的始之纹章力量，最后还是回根据地当国王。最佳engding当然还是选2好。单挑一直防御，就会结束战斗。乔伊让主角动手，接着又发生战斗，还是防守，战斗会自动结束。
乔伊：....实际上我一直羡慕你，你为何总是那么纯真善良。这正是我所缺少的，我渴望像你那样被众人爱戴。
突然，乔伊倒了下去，选1，主角呼唤了他的名字。
乔伊：我....不行了，为阻止卢卡...释放兽之纹章..借助了太多纹章力量....我们俩的纹章..现在可以合在一起了,如果单独使用纹章....它会夺去你的生命....我无论如何都将死去...所以..我将纹章力量和生命...同时交给你吧...这样两个纹章就能合二为一....
出现选项：选2的话，乔伊还是会死去，主角还是当国王；还是连续选1吧。
乔伊：快...我支持不住了....我对不起被我杀害的生命....被我伤害的人...
一定不要让我们的努力白费.....时间不多了...快...
这时，乔伊身上出现亮光，接着主角身上也出现了，乔伊（ジヨゥイ）恢复了力量。莱格娜特（レックナート）再次出现，她解释说，是108星的精神引发了始之纹章的另一面力量，并让主角和乔伊（ジヨゥイ）离开这片大陆。乔伊（ジヨゥイ）还对自己的行为感到不安，经过莱格娜特（レックナート）劝说后，他也明白了，应该活下去用自己的力量拯救更多的人。这里再次成为两人新旅程的开始。主角和乔伊（ジヨゥイ）往回走时，还会遇到修（シユウ），他告诉主角，那那米并没有死。两人回到卡洛街（キヤロの街）的家里，看到了那那米（ナナミ），三人决定离开这片大陆开始新生活。
幻想水浒传2的故事就此结束。
除了主角和那那米（ナナミ）隐居结局，其他结局有关以下条件：集齐108星，那那米（ナナミ）中箭的时候身上要有防具，并且选项要快；另外还有一个条件，据说是除去必死的基巴外，战役事件不能死人，即约束石板上角色头像不能是黑的，但实际游戏的时候，死几个只能在战役事件中作战的将领也可以达成goodending。
幻想水浒传2
和平协议已在黑兰德和都市同盟之间签订，是夜，主人公和好友乔伊准备回乡与七美团聚。突然半夜，敌人来袭，少年军基本阵亡，劳德队长提醒往东边森林逃亡，逃到森林尽头，乔伊怀疑有诈，回到营寨，发现劳德与黑德兰王子卢卡·布莱特嫁祸都市同盟挑起战乱的阴谋，两人逃往西北的悬崖，由于劳德的追杀，乔伊在悬崖作下约定标记后，两人跳崖逃生。
在悬崖脚下的河边，雇佣军队长维克多救下了与乔伊失散的主人公，并作为俘虏带回【雇佣军山寨】。在山寨，主人公帮忙干活，推箱子，捡『绳子』，以及后来的擦地板。一次，波尔要主人公帮忙，主人公在地下室拿到2个长筒靴和3个打火石，只是一楼的道具处已没有了面粉，于是军狗敢敢协同主人公和托塔，三人去【柳拜村】取『面粉』。 出寨往东北来到【柳拜村】，在道具屋取到『面粉』，在村里得知【燕北坡】怪物的消息，同时也看到了利娜一行流浪艺人，回到【雇佣军山寨】。
一日夜晚，乔伊潜入山寨营救主人公，逃亡却失败，两人被囚。不久，乔伊应用手头道具成功脱逃，两人决定回【卡罗】找主人公的老姐七美。先来到【柳拜村】，在一场飞刀虚惊后，利娜等人加入。众人出村往北，来到【燕北坡】山道，依靠利娜的美色疏通守卫，在山道尽头储存后，打败怪物雾妖，保尔冈来几下协力技就搞定了。接着往右的岔路可以拿到『风的翎毛』，往上的岔路则通过山道。
【卡罗】街口，利娜等人作别，主人公往西来到家中，找到正在玄客墓前拜祭的七美，七美见到主人公后超兴奋，由于整个街市通缉着少年二人组的主人公和乔伊，姐弟俩准备出逃，门口却遇到王国军，虽奋力抵抗，仍被劳德擒获；另一方面，乔伊遭家族唾弃也被擒。
在地牢中，三人从劳德口中得知了黑德兰王子卢卡·布莱特卢卡的阴谋野心。押赴刑场时，两人遇到黑兰德公主吉尔却也无法昭雪。刑场行刑的关键时刻，维克多和弗里克赶到救下了两人，同时四人准备营救七美，这时狂放的七美杀红了眼，王国军望风而逃，于是一行人准备返回【雇佣军山寨】。
回到营寨，维克多因为人手不够要主人公四处寻找同伴，这时的一楼丽奥娜老板娘那里可以整顿队伍，可以考虑让敢敢加入，地下室的巴巴拉大娘那里可以寄放物品，波尔那里可以休息存档，铁匠铺可以提升武器等级。
来到【柳拜村】，村口遇到饿昏了的力丸，给他吃的，他将加入山寨，不过要付饭钱3000。与村民对话得知【托托村】的情况，在村里遇到寻找波那巴特的米莉，选择帮她找，来到【柳拜村】后山，在左边的岔路会发现跌落的鸟巢，选择救它，然后顺着左边的岔路进入，还是左边的岔路会有宝箱，得到『长手套』『皮披风』，右边的岔路过木桥的尽头是木屋。退回到那个鸟巢的岔路，这时会看到鸟巢旁边出现了基尼星和雪狼，对话后，让他们加入队伍，因为接着有场战斗。在那个鸟巢的另一个岔路，向右的岔道尽头找到波那巴特，六人合力打倒了这只看起来并不可爱的山鼠，米莉也加入山寨。最好回到山寨，整理一下队伍，队伍中至少留一个空位。
由山寨往西北出发，来到【托托村】，遇到乔伊的救命恩人比丽佳，这时在旅馆遇到扎姆查，因受七美的激计而加入队伍，在村中还可以看到汉娜，这里有鉴定屋可以鉴定物品。来到比丽佳家中，受比丽佳之托，于是一行人过桥来到【白鹿亭】西边的大城市【妙芝市】，在道具屋买到比丽佳欲送爸爸生日的礼物『木刻护身符』。回到【托托村】，已为废墟，幸存的比丽佳哭诉着，爱露普出现，告知众人一切皆卢卡所为，并欲回寨商议。此时，回到【托托村】，汉娜加入。
回到山寨，众人商议，主人公领命去寻找神枪蔡修理火炎枪，在【柳拜村】后山穿过木桥来到木屋，蔡加入，入队较好，回到【柳拜村】时，村中一片火海，卢卡滥杀村民，两人欲拼命，却被蔡制止。
山寨二楼议室，众人商议退敌大计，主人公选择留下一同战斗，稍作考验后，两人得到一只部队，并为部队命名，响亮一点的名字，也可试试乔伊的意见。 王国军逼近山寨，众人迎敌，战棋式的战斗，首战胜利，第二战告败。山寨被占领，主人公选择与乔伊一起营救比丽佳，在二楼议室，二人在维克多和弗里克的帮助下救出比丽佳，众人往【妙芝市】逃去。途经【托托村】，众人被比丽佳带到祭祀用的庙洞，看到碑上刻有玄克的话，突然闪光过后，两人遇到“门之纹章”莱克那多，“开始的纹章”考核两人的童年后，认定两人的资格，主人公先选择不需要力量，第二次再选择需要力量，两人在不同的洞穴中被赋予纹章的力量，主人公附宿“辉盾纹章”，乔伊附宿“黑刃纹章”。
（本文来源于图老师网站，更多请访问http://m.tulaoshi.com）众人来到【妙芝市】，因没有通行证而无法入内。来到东边的【白鹿亭】，知道阿列克斯发现辛达尔族遗迹并坚信有宝藏能改善他们的生活，为借用通行证于是答应帮忙找宝藏。遗迹内的迷宫有些复杂，宝箱中可拿到『火蜥蜴封印球』，铁门需要相应石板才能开启，当拿到『三角形石板』开启机关，地道的水退后，可以进入地道，拿到『方形石板』，顺便拿下边支路的『水的封印球』，接着先到右边另一扇方形机关，在存档铁门右下方的铁门，可以拿到『吸引魔力封印球』『旧书2卷』。最后来到存档处的铁门，打败2000左右生命值的双头妖，结果宝物却是一株『草药』。众人回归时，阿列克斯将『草药』丢弃在遗迹入口。回到旅店中，希尔达却病倒，主人公将遗迹入口处的『草药』捡回，女主人痊愈，于是众人也得到了通行证。
妙芝市】城门前，聪明守卫识破失败伪装，众人入狱。狱中，两人感慨万千。第二天，众人获释，约见城中最北的市政厅，先将比丽佳安置在酒馆。在市政厅见到女市长阿那贝尔，谈话完后，来到旁边一室见到杰斯，被拜托去王国军营地调查敌军的粮草储备。来到酒馆安置部队，出城来到东北边的关卡，穿过森林，两人来到王国军营地，进入粮仓调查情况后，一出帐门就遇到劳德，两人无处逃生时躲进公主吉尔的帐中，在公主的帮助下两人获救，营地入口处两人又遇到劳德，乔伊留下断后，主人公无奈逃脱。
回到【妙芝市】，欲见阿那贝尔和杰斯不成，回到酒馆。在维克多的帮助下，终于见到阿那贝尔，得知情况的阿那贝尔也感遗憾，只是也没有办法。见乔伊不回，七美在城门等他回来，主人公也陪七美一起等，总是选择一起等，终于等到乔伊的回来。 得知琼斯顿山召开都市同盟大会，在城中西北，三人依靠弗里克进入，众人旁听了山上的同盟大会。会议中，得知王国军来犯的消息，各同盟商议共同抗敌。酒馆中，阿那贝尔委托雇佣军拖延王国军，并答应事后告诉三人玄客的事。
城外，战棋式的战斗中，骑兵团前来援助，但不久由于内部的命令，骑兵团撤了兵，但雇佣军也完成了拖延敌军的任务。
而这时的乔伊有些古怪，与卡盖的密谈，对于比丽佳也被他瞒过去。三人找阿那贝尔欲听玄客之事，阿那贝尔允诺晚上再来。这时乔伊独自外出不回。是夜，阿那贝尔和维克多烛下夜谈非常投机。主人公在房间找到七美，选择担心乔伊，便出去寻找乔伊，在广场可以找到托塔，托塔加入。在市政厅门口右侧，看到乔伊和卡盖，询问那人是谁，乔伊言语奇怪，匆匆离开。晚上，主人公和七美来到市政厅，发现乔伊匆匆逃逸，房间中阿那贝尔已垂危，原来先前乔伊已经来刺杀阿那贝尔了。这时王国军攻入城中，两人匆忙逃亡，营救比丽佳时与维克多约定在【南窗】会合。
三人树下喘息，对话中，主人公选择不可能，三人还是前往【南窗】。
卡路奈】是通往【南窗】的必经之路，只是因为王国军的命令岸口的船只无法出航，三人在酒馆遇到了利娜一行流浪艺人，也因为港口封锁而郁闷中。三人来到村中港口东岸的木屋，见到大丰和杨空，为了渡海，主人公赌赢骰子，于是两人答应出航，三人先去酒馆让利娜一行人加入。
跨海穿
